法律分析：协议房可以进行公证，但公证并不等同于合法性认证。公证主要是为了保证合同内容真实、有效，并降低争议发生的概率。
法律依据：
1.《合同法》第十三条：合同的订立、履行，应当遵循诚信原则。
2.《物权法》第三十四条：合法取得协议转让的不动产，可以依法办理转移登记。
3.《公证法》第三条：公证是公证机关在法律规定的范围和程序内，对申请人的有关法律事实和行为的真实性、合法性以及事实的存在和证明作出证明的活动。
总体来看，协议房是存在法律风险的，但公证可以提高合同的真实性和有效性，为双方提供一定的保障。但需要注意的是，公证并不能代替合法性认证，购买协议房时还需谨慎选择。
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