单位漏缴医保可以按照以下方式进行处理：
1.社会保险方面中断以后再入保险，可以进行补缴，把中断期间的社会保险补齐；
2.社保中断以后再入保险，也可以不补缴中断期间的社会保险，个人写出放弃申请，存入档案，就可以不补缴了，但中间间断的时间比计算缴费年限，将来退休是待遇有应当的影响。
如果年龄较大，离退休时间不太长，还是补缴好，退休待遇高些；如果离退休时间还很早，经济条件也不允许，就放弃中断的时间，不补缴社会保险。以个人名义参保的，如果漏缴不能够进行补缴，只有是单位原因造成的漏缴才能够进行补缴，并且补缴五险。如果单位没有做申报（没有给开户）的只能补缴养老。缴纳一段时间后，中断想补缴地可以找代理公司给补缴。
一、缴费单位（不含个体、自由职业者）漏缴职工养老保险费的，应带材料
缴费单位（不含个体、自由职业者）漏缴职工养老保险费的，应带以下材料到各社保经办机构办理基本养老保险费个案补缴：
1、职工档案和养老保险手册；
2、《补缴基本养老保险费申请表》；
3、劳动合同、工资发放明细表等；
4、其他相关材料。
计算方法如下：补缴金额=补缴时上年度社会平均工资*（应补年度缴费工资基数%应补年度社会平均工资）*缴费比例*补缴系数。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》规定如下：
第六十二条 用人单位未按规定申报应当缴纳的社会保险费数额的，按照该单位上月缴费额的百分之一百一十确定应当缴纳数额;缴费单位补办申报手续后，由社会保险费征收机构按照规定结算。
第六十三条 用人单位未按时足额缴纳社会保险费的，由社会保险费征收机构责令其限期缴纳或者补足。
用人单位逾期仍未缴纳或者补足社会保险费的，社会保险费征收机构可以向银行和其他金融机构查询其存款账户;并可以申请县级以上有关行政部门作出划拨社会保险费的决定，书面通知其开户银行或者其他金融机构划拨社会保险费。
用人单位账户余额少于应当缴纳的社会保险费的，社会保险费征收机构可以要求该用人单位提供担保，签订延期缴费协议。
